НГАВТ - федеральное государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования. В соответствии с лицензией Министерства образования Российской Федерации академия имеет право на ведение общеобразовательной деятельности в сфере высшего профессионального образования по 7 направлениям и 15 специальностям, 2 специальностям начального профессионального образования, 13 специальностям послевузовского образования и 4 специальностям дополнительного образования.

Гидротехнический факультет
· Гидротехническое строительство
· Комплексное использование и охрана водных ресурсов
· Защита в чрезвычайных ситуациях

Судоводительский факультет
· Эксплуатация транспорта и транспортного оборудования

Судомеханический факультет
· Кораблестроение
· Судовые энергетические установки
· Техническая эксплуатация судов и судового оборудования
· Эксплуатация судовых энергетических установок
· Инженерная защита окружающей среды

Факультет управления на водном транспорте
· Организация перевозок и управление на водном транспорте
· Экономика и управление на предприятии водного транспорта

Электромеханический факультет
· Электропривод и автоматика промышленных установок и технологических комплексов
· Эксплуатация перегрузочного оборудования портов и транспортных терминалов
· Эксплуатация судового электрооборудования и средств автоматики
· Информационные системы и технологии